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##fileformat=VCFv4.1
##FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed">
##fileDate=20151201
##source=freeBayes v0.9.20
##reference=./genome/GCA_000013465.1_ASM1346v1_genomic.fa
##phasing=none
##commandline="freebayes -f ./genome/GCA_000013465.1_ASM1346v1_genomic.fa -b /home/dnanexus/in/sorted_bams/0/33_AGGCAGAAAGAGTAGA_L002_R1_001.deduplicated.bam -0 --region CP000255.1:0-2872769"
##INFO=<ID=NS,Number=1,Type=Integer,Description="Number of samples with data">
##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total read depth at the locus">
##INFO=<ID=DPB,Number=1,Type=Float,Description="Total read depth per bp at the locus; bases in reads overlapping / bases in haplotype">
##INFO=<ID=AC,Number=A,Type=Integer,Description="Total number of alternate alleles in called genotypes">
##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes">
##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Estimated allele frequency in the range (0,1]">
##INFO=<ID=RO,Number=1,Type=Integer,Description="Reference allele observation count, with partial observations recorded fractionally">
##INFO=<ID=AO,Number=A,Type=Integer,Description="Alternate allele observations, with partial observations recorded fractionally">
##INFO=<ID=PRO,Number=1,Type=Float,Description="Reference allele observation count, with partial observations recorded fractionally">
##INFO=<ID=PAO,Number=A,Type=Float,Description="Alternate allele observations, with partial observations recorded fractionally">
##INFO=<ID=QR,Number=1,Type=Integer,Description="Reference allele quality sum in phred">
##INFO=<ID=QA,Number=A,Type=Integer,Description="Alternate allele quality sum in phred">
##INFO=<ID=PQR,Number=1,Type=Float,Description="Reference allele quality sum in phred for partial observations">
##INFO=<ID=PQA,Number=A,Type=Float,Description="Alternate allele quality sum in phred for partial observations">
##INFO=<ID=SRF,Number=1,Type=Integer,Description="Number of reference observations on the forward strand">
##INFO=<ID=SRR,Number=1,Type=Integer,Description="Number of reference observations on the reverse strand">
##INFO=<ID=SAF,Number=A,Type=Integer,Description="Number of alternate observations on the forward strand">
##INFO=<ID=SAR,Number=A,Type=Integer,Description="Number of alternate observations on the reverse strand">
##INFO=<ID=SRP,Number=1,Type=Float,Description="Strand balance probability for the reference allele: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between SRF and SRR given E(SRF/SRR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
##INFO=<ID=SAP,Number=A,Type=Float,Description="Strand balance probability for the alternate allele: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between SAF and SAR given E(SAF/SAR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
##INFO=<ID=AB,Number=A,Type=Float,Description="Allele balance at heterozygous sites: a number between 0 and 1 representing the ratio of reads showing the reference allele to all reads, considering only reads from individuals called as heterozygous">
##INFO=<ID=ABP,Number=A,Type=Float,Description="Allele balance probability at heterozygous sites: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between ABR and ABA given E(ABR/ABA) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
##INFO=<ID=RUN,Number=A,Type=Integer,Description="Run length: the number of consecutive repeats of the alternate allele in the reference genome">
##INFO=<ID=RPP,Number=A,Type=Float,Description="Read Placement Probability: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between RPL and RPR given E(RPL/RPR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
##INFO=<ID=RPPR,Number=1,Type=Float,Description="Read Placement Probability for reference observations: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between RPL and RPR given E(RPL/RPR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
##INFO=<ID=RPL,Number=A,Type=Float,Description="Reads Placed Left: number of reads supporting the alternate balanced to the left (5') of the alternate allele">
##INFO=<ID=RPR,Number=A,Type=Float,Description="Reads Placed Right: number of reads supporting the alternate balanced to the right (3') of the alternate allele">
##INFO=<ID=EPP,Number=A,Type=Float,Description="End Placement Probability: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between EL and ER given E(EL/ER) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
##INFO=<ID=EPPR,Number=1,Type=Float,Description="End Placement Probability for reference observations: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between EL and ER given E(EL/ER) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
##INFO=<ID=DPRA,Number=A,Type=Float,Description="Alternate allele depth ratio. Ratio between depth in samples with each called alternate allele and those without.">
##INFO=<ID=ODDS,Number=1,Type=Float,Description="The log odds ratio of the best genotype combination to the second-best.">
##INFO=<ID=GTI,Number=1,Type=Integer,Description="Number of genotyping iterations required to reach convergence or bailout.">
##INFO=<ID=TYPE,Number=A,Type=String,Description="The type of allele, either snp, mnp, ins, del, or complex.">
##INFO=<ID=CIGAR,Number=A,Type=String,Description="The extended CIGAR representation of each alternate allele, with the exception that '=' is replaced by 'M' to ease VCF parsing. Note that INDEL alleles do not have the first matched base (which is provided by default, per the spec) referred to by the CIGAR.">
##INFO=<ID=NUMALT,Number=1,Type=Integer,Description="Number of unique non-reference alleles in called genotypes at this position.">
##INFO=<ID=MEANALT,Number=A,Type=Float,Description="Mean number of unique non-reference allele observations per sample with the corresponding alternate alleles.">
##INFO=<ID=LEN,Number=A,Type=Integer,Description="allele length">
##INFO=<ID=MQM,Number=A,Type=Float,Description="Mean mapping quality of observed alternate alleles">
##INFO=<ID=MQMR,Number=1,Type=Float,Description="Mean mapping quality of observed reference alleles">
##INFO=<ID=PAIRED,Number=A,Type=Float,Description="Proportion of observed alternate alleles which are supported by properly paired read fragments">
##INFO=<ID=PAIREDR,Number=1,Type=Float,Description="Proportion of observed reference alleles which are supported by properly paired read fragments">
##INFO=<ID=technology.ILLUMINA,Number=A,Type=Float,Description="Fraction of observations supporting the alternate observed in reads from ILLUMINA">
##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Float,Description="Genotype Quality, the Phred-scaled marginal (or unconditional) probability of the called genotype">
##FORMAT=<ID=GL,Number=G,Type=Float,Description="Genotype Likelihood, log10-scaled likelihoods of the data given the called genotype for each possible genotype generated from the reference and alternate alleles given the sample ploidy">
##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth">
##FORMAT=<ID=RO,Number=1,Type=Integer,Description="Reference allele observation count">
##FORMAT=<ID=QR,Number=1,Type=Integer,Description="Sum of quality of the reference observations">
##FORMAT=<ID=AO,Number=A,Type=Integer,Description="Alternate allele observation count">
##FORMAT=<ID=QA,Number=A,Type=Integer,Description="Sum of quality of the alternate observations">
##bcftools_normVersion=1.2+htslib-1.2.1
##bcftools_normCommand=norm -f ./genome/GCA_000013465.1_ASM1346v1_genomic.fa
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT 1
CP000255.1 317 . A G 596.981 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=18;CIGAR=1X;DP=18;DPB=18;DPRA=0;EPP=3.49285;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=29.5585;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=685;QR=0;RO=0;RPL=10;RPP=3.49285;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=10;SAP=3.49285;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:18:0:0:18:685:-62.0306,-5.41854,0
CP000255.1 5010 . C G 649.202 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=19;CIGAR=1X;DP=19;DPB=19;DPRA=0;EPP=3.12459;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=30.9448;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=746;QR=0;RO=0;RPL=11;RPP=4.03889;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=12;SAP=5.8675;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:19:0:0:19:746:-67.5326,-5.71957,0
CP000255.1 34179 . T A 842.64 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=25;CIGAR=1X;DP=25;DPB=25;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=39.2625;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=971;QR=0;RO=0;RPL=17;RPP=10.0459;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=15;SAP=5.18177;SAR=10;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:25:0:0:25:971:-87.7784,-7.52575,0
CP000255.1 35569 . T C 481.992 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=14;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=5.49198;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=24.0133;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=557;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=3.63072;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=7;SAP=3.0103;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14:0:0:14:557:-50.5279,-4.21442,0
CP000255.1 42386 . G T 388.47 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=12;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=21.2407;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=455;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=5.9056;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=5.9056;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:12:0:0:12:455:-41.3292,-3.61236,0
CP000255.1 51327 . AG A 267.059 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=9;CIGAR=1M1D7M;DP=9;DPB=11.3333;DPRA=0;EPP=9.04217;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=17.0818;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=3;PQA=109;PQR=75;PRO=2;QA=323;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=5.18177;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=5.18177;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:9:0:0:9:323:-29.4289,-2.70927,0
CP000255.1 61025 . G A 558.441 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=17;CIGAR=1X;DP=17;DPB=17;DPRA=0;EPP=6.20364;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=28.1722;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=645;QR=0;RO=0;RPL=10;RPP=4.1599;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=9;SAP=3.13803;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:17:0:0:17:645:-58.4294,-5.11751,0
CP000255.1 61712 . T C 75.902 . AB=0.227273;ABP=17.2236;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=5;CIGAR=1X;DP=22;DPB=22;DPRA=0;EPP=6.91895;EPPR=3.13803;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=17.4771;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=186;QR=658;RO=17;RPL=1;RPP=6.91895;RPPR=9.26925;RPR=4;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=11;SRP=6.20364;SRR=6;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:17:658:5:186:-14.9099,0,-57.4049
CP000255.1 64653 . A G 596.076 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=18;CIGAR=1X;DP=18;DPB=18;DPRA=0;EPP=3.49285;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=29.5585;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=684;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=3.49285;RPPR=0;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=3.49285;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:18:0:0:18:684:-61.94,-5.41854,0
CP000255.1 66546 . A G 421.337 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=13;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=3.17734;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=22.627;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=495;QR=0;RO=0;RPL=9;RPP=7.18621;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=9;SAP=7.18621;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:13:0:0:13:495:-44.9308,-3.91339,0
CP000255.1 90319 . A T 12.3288 . AB=0.2;ABP=10.8276;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=12.7819;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=2.77854;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=75;QR=286;RO=8;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=20.3821;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=7;SRP=12.7819;SRR=1;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:10:8:286:2:75:-5.76791,0,-24.7404
CP000255.1 93265 . G T 641.089 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=19;CIGAR=1X;DP=19;DPB=19;DPRA=0;EPP=5.8675;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=30.9448;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=738;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=4.03889;RPPR=0;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=4.03889;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:19:0:0:19:738:-66.8084,-5.71957,0
CP000255.1 113200 . G A 560.467 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=17;CIGAR=1X;DP=17;DPB=17;DPRA=0;EPP=3.13803;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=28.1722;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=644;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=3.13803;RPPR=0;RPR=9;RUN=1;SAF=7;SAP=4.1599;SAR=10;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:17:0:0:17:644:-58.3388,-5.11751,0
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CP000255.1 182746 . T G 579.726 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=18;CIGAR=1X;DP=18;DPB=18;DPRA=0;EPP=3.49285;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=29.5585;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=669;QR=0;RO=0;RPL=11;RPP=4.9405;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=4.9405;SAR=11;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:18:0:0:18:669:-60.5817,-5.41854,0
CP000255.1 213454 . A G 472.728 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=16;CIGAR=1X;DP=18;DPB=18;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.86426;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=622;QR=75;RO=2;RPL=8;RPP=3.0103;RPPR=3.0103;RPR=8;RUN=1;SAF=12;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:18:2:75:16:622:-53.1349,0,-3.89115
CP000255.1 236819 . G T 495.32 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=15;CIGAR=1X;DP=15;DPB=15;DPRA=0;EPP=6.62942;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=25.3996;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=577;QR=0;RO=0;RPL=10;RPP=6.62942;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=7;SAP=3.15506;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:15:0:0:15:577:-52.3147,-4.51545,0
CP000255.1 240358 . T A 436.032 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=13;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=7.18621;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=22.627;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=507;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=3.17734;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=7;SAP=3.17734;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:13:0:0:13:507:-46.02,-3.91339,0
CP000255.1 260357 . C T 442.044 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=13;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=4.51363;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=22.627;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=515;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=7.18621;RPPR=0;RPR=9;RUN=1;SAF=7;SAP=3.17734;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:13:0:0:13:515:-46.7462,-3.91339,0
CP000255.1 270510 . T C 476.022 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=14;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=3.63072;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=24.0133;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=553;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=5.49198;RPPR=0;RPR=9;RUN=1;SAF=5;SAP=5.49198;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14:0:0:14:553:-50.165,-4.21442,0
CP000255.1 292738 . A C 372.54 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=12;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=3.73412;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=21.2407;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=453;QR=0;RO=0;RPL=1;RPP=21.1059;RPPR=0;RPR=11;RUN=1;SAF=6;SAP=3.0103;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:12:0:0:12:453:-41.1475,-3.61236,0
CP000255.1 303067 . A G 432.052 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=13;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=3.17734;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=22.627;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=507;QR=0;RO=0;RPL=10;RPP=11.1951;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=6;SAP=3.17734;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:13:0:0:13:507:-46.02,-3.91339,0
CP000255.1 334068 . G A 475.68 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=14;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=3.63072;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=24.0133;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=554;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=3.63072;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=10;SAP=8.59409;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14:0:0:14:554:-50.2557,-4.21442,0
CP000255.1 376057 . C T 214.944 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=7;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.80219;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=14.3092;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=256;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=3.32051;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=3.32051;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:7:0:0:7:256:-23.4057,-2.10721,0
CP000255.1 376231 . T G 535.772 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=16;CIGAR=1X;DP=16;DPB=16;DPRA=0;EPP=3.55317;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=26.7859;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=618;QR=0;RO=0;RPL=9;RPP=3.55317;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=10;SAP=5.18177;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:16:0:0:16:618:-56.0063,-4.81648,0
CP000255.1 386800 . G A 328.035 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=11;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=19.0002;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.37025;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=433;QR=39;RO=1;RPL=6;RPP=3.20771;RPPR=5.18177;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=3.20771;SAR=6;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:12:1:39:11:433:-36.8305,0,-1.36682
CP000255.1 425833 . A T 544.951 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=16;CIGAR=1X;DP=16;DPB=16;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=26.7859;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=627;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=10;SAP=5.18177;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:16:0:0:16:627:-56.8219,-4.81648,0
CP000255.1 429073 . C T 402.447 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=13;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=3.17734;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=22.627;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=470;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=3.17734;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=4;SAP=7.18621;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:13:0:0:13:470:-42.6615,-3.91339,0
CP000255.1 442155 . TC T 292.032 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=9;CIGAR=1M1D1M;DP=10;DPB=7;DPRA=0;EPP=9.04217;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=17.0818;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=357;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=3.25157;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=7;SAP=9.04217;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:10:0:0:9:357:-32.118,-2.70927,0
CP000255.1 448217 . A T 567.436 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=17;CIGAR=1X;DP=17;DPB=17;DPRA=0;EPP=13.3567;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=28.1722;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=665;QR=0;RO=0;RPL=9;RPP=3.13803;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=6;SAP=6.20364;SAR=11;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:17:0:0:17:665:-60.2412,-5.11751,0
CP000255.1 452862 . CA C 275.259 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=9;CIGAR=1M1D7M;DP=9;DPB=10.2222;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=17.0818;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=2.5;PQA=85;PQR=48;PRO=1.5;QA=332;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=9.04217;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=3;SAP=5.18177;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:9:0:0:9:332:-30.2489,-2.70927,0
CP000255.1 467549 . A T 311.005 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=10;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=6.48466;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=18.4681;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=389;QR=0;RO=0;RPL=1;RPP=16.9077;RPPR=0;RPR=9;RUN=1;SAF=8;SAP=10.8276;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:10:0:0:10:389:-35.399,-3.0103,0
CP000255.1 485692 . T G 1.3034 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=7.94546;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1.04976;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=81;QR=408;RO=11;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=4.78696;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=1;SRP=19.0002;SRR=10;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:14:11:408:3:81:-5.90668,0,-35.4376
CP000255.1 511843 . G A 672.759 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=20;CIGAR=1X;DP=20;DPB=20;DPRA=0;EPP=6.91895;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=32.3311;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=773;QR=0;RO=0;RPL=10;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=10;RUN=1;SAF=9;SAP=3.44459;SAR=11;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:20:0:0:20:773:-69.9565,-6.0206,0
CP000255.1 512748 . A G 31.3602 . AB=0.333333;ABP=4.45795;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=11.6962;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.22022;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=80;QR=153;RO=4;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=5.18177;RPR=2;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=3;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:4:153:2:80:-6.96991,0,-13.5224
CP000255.1 518102 . G A 31.6637 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.31654;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=76;QR=67;RO=2;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=7.35324;RPR=2;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=1;SRP=3.0103;SRR=1;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:2:67:2:76:-6.79403,0,-5.93903
CP000255.1 525614 . TA T 531.328 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=17;CIGAR=1M1D8M;DP=17;DPB=17;DPRA=0;EPP=3.13803;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=28.1722;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=1.5;PQA=58.5;PQR=58.5;PRO=1.5;QA=614;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=3.13803;RPPR=0;RPR=9;RUN=1;SAF=11;SAP=6.20364;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:17:0:0:17:614:-55.6212,-5.11751,0
CP000255.1 556082 . T C 392.291 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=13;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=7.18621;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=22.627;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=463;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=3.17734;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=9;SAP=7.18621;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:13:0:0:13:463:-42.0262,-3.91339,0
CP000255.1 556291 . T C 157.006 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=3.44459;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.5366;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=198;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=3;SAP=3.44459;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:5:0:0:5:198:-18.216,-1.50515,0
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CP000255.1 568069 . T C 868.985 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=26;CIGAR=1X;DP=26;DPB=26;DPRA=0;EPP=3.34437;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=40.6488;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1001;QR=0;RO=0;RPL=18;RPP=11.3621;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=10;SAP=6.01695;SAR=16;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:26:0:0:26:1001:-90.475,-7.82678,0
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CP000255.1 614170 . G A 151.785 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=6.91895;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.5366;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=188;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=6.91895;RPPR=0;RPR=1;RUN=1;SAF=3;SAP=3.44459;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:5:0:0:5:188:-17.296,-1.50515,0
CP000255.1 628637 . A G 464.083 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=14;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=12.937;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=24.0133;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=548;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=3.63072;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=5;SAP=5.49198;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14:0:0:14:548:-49.7114,-4.21442,0
CP000255.1 656348 . G T 53.5115 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=69;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0:0:2:69:-6.555,-0.60206,0
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CP000255.1 668033 . C G 420.58 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=14;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=3.63072;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=24.0133;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=488;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=3.63072;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=8;SAP=3.63072;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14:0:0:14:488:-44.2686,-4.21442,0
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CP000255.1 929982 . C T 684.044 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=21;CIGAR=1X;DP=21;DPB=21;DPRA=0;EPP=5.59539;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=33.7174;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=787;QR=0;RO=0;RPL=13;RPP=5.59539;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=11;SAP=3.1137;SAR=10;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:21:0:0:21:787:-71.2048,-6.32163,0
CP000255.1 944692 . A T 438.755 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=13;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=3.17734;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=22.627;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=510;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=3.17734;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=4;SAP=7.18621;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:13:0:0:13:510:-46.2923,-3.91339,0
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CP000255.1 1211751 . G A 328.487 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=10;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=6.48466;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=18.4681;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=389;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=3.87889;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=3;SAP=6.48466;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:10:0:0:10:389:-35.399,-3.0103,0
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CP000255.1 1215913 . T C 567.882 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=18;CIGAR=1X;DP=18;DPB=18;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=29.5585;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=658;QR=0;RO=0;RPL=9;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=9;RUN=1;SAF=7;SAP=4.9405;SAR=11;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:18:0:0:18:658:-59.5856,-5.41854,0
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CP000255.1 1363207 . A T 364.158 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=11;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=12.6832;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=19.8544;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=437;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=3.20771;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=3;SAP=7.94546;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:11:0:0:11:437:-39.7273,-3.31133,0
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CP000255.1 1428907 . T A 33.545 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.0665;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=78;QR=75;RO=2;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=7.35324;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=1;SRP=3.0103;SRR=1;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:2:75:2:78:-6.98403,0,-6.69903
CP000255.1 1448073 . TG CT 5.56065 . AB=0.2;ABP=10.8276;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=2X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.954756;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=73;QR=307;RO=8;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=7.35324;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=6;TYPE=mnp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:10:8:307:2:73:-5.57791,0,-26.6567
CP000255.1 1533312 . A T 361.582 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=11;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=3.20771;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=19.8544;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=424;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=3.20771;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=3;SAP=7.94546;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:11:0:0:11:424:-38.5455,-3.31133,0
CP000255.1 1561085 . C CA 410.295 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=13;CIGAR=1M1I7M;DP=15;DPB=17;DPRA=0;EPP=4.51363;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=22.627;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=35;PQR=35;PRO=1;QA=481;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=3.17734;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=8;SAP=4.51363;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=ins;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:15:0:0:13:481:-43.316,-3.91339,0
CP000255.1 1568945 . C T 550.566 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=17;CIGAR=1X;DP=17;DPB=17;DPRA=0;EPP=3.13803;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=28.1722;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=632;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=3.13803;RPPR=0;RPR=9;RUN=1;SAF=8;SAP=3.13803;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:17:0:0:17:632:-57.2518,-5.11751,0
CP000255.1 1602272 . A T 412.478 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=13;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=11.1951;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=22.627;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=491;QR=0;RO=0;RPL=9;RPP=7.18621;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=5;SAP=4.51363;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:13:0:0:13:491:-44.5677,-3.91339,0
CP000255.1 1630757 . T A 284.309 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=9;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=17.0818;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=340;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=9.04217;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=4;SAP=3.25157;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:9:0:0:9:340:-30.9778,-2.70927,0
CP000255.1 1702795 . T C 375.502 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=11;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=3.20771;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=19.8544;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=436;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=3.20771;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=4;SAP=4.78696;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:11:0:0:11:436:-39.6364,-3.31133,0
CP000255.1 1709356 . A T 416.8 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=13;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=4.51363;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=22.627;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=483;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=3.17734;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=3.17734;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:13:0:0:13:483:-43.8415,-3.91339,0
CP000255.1 1726753 . A G 517.647 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=16;CIGAR=1X;DP=16;DPB=16;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=26.7859;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=598;QR=0;RO=0;RPL=9;RPP=3.55317;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=3.55317;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:16:0:0:16:598:-54.1938,-4.81648,0
CP000255.1 1741297 . A T 604.226 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=18;CIGAR=1X;DP=18;DPB=18;DPRA=0;EPP=3.49285;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=29.5585;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=693;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=3.49285;RPPR=0;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=3.49285;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:18:0:0:18:693:-62.755,-5.41854,0
CP000255.1 1765020 . A C 652.885 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=19;CIGAR=1X;DP=19;DPB=19;DPRA=0;EPP=4.03889;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=30.9448;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=754;QR=0;RO=0;RPL=13;RPP=8.61041;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=11;SAP=4.03889;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:19:0:0:19:754:-68.2568,-5.71957,0
CP000255.1 1770108 . G C 334.021 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=10;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=18.4681;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=388;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=3.87889;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=5;SAP=3.0103;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:10:0:0:10:388:-35.308,-3.0103,0
CP000255.1 1857182 . G A 67.9863 . AB=0.25;ABP=11.6962;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=16;DPB=16;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=15.6544;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=151;QR=458;RO=12;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=3.73412;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=3.0103;SAR=2;SRF=7;SRP=3.73412;SRR=5;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:12:458:4:151:-12.4111,0,-40.0453
CP000255.1 1857232 . T C 39.7181 . AB=0.25;ABP=9.52472;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=3.73412;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.14533;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=110;QR=355;RO=9;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=5.18177;RPR=3;RUN=1;SAF=1;SAP=3.73412;SAR=2;SRF=5;SRP=3.25157;SRR=4;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:12:9:355:3:110:-8.99673,0,-31.0745
CP000255.1 1857258 . C T 115.871 . AB=0.3125;ABP=7.89611;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=5;CIGAR=1X;DP=16;DPB=16;DPRA=0;EPP=6.91895;EPPR=4.78696;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=26.6803;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=193;QR=426;RO=11;RPL=3;RPP=3.44459;RPPR=4.78696;RPR=2;RUN=1;SAF=3;SAP=3.44459;SAR=2;SRF=5;SRP=3.20771;SRR=6;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:11:426:5:193:-16.5798,0,-37.5511
CP000255.1 1861391 . G A 439.492 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=13;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=4.51363;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=22.627;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=508;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=3.17734;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=7;SAP=3.17734;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:13:0:0:13:508:-46.1108,-3.91339,0
CP000255.1 1864068 . T C 385.3 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=12;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=3.73412;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=21.2407;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=450;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=3.73412;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=4;SAP=5.9056;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:12:0:0:12:450:-40.875,-3.61236,0
CP000255.1 1884610 . A G 230.812 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=7;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=10.7656;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=14.3092;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=281;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=3.32051;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=5;SAP=5.80219;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:7:0:0:7:281:-25.6914,-2.10721,0
CP000255.1 1907342 . G A 475.642 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=14;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=5.49198;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=24.0133;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=550;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=3.63072;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=7;SAP=3.0103;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14:0:0:14:550:-49.8929,-4.21442,0
CP000255.1 1922913 . G T 479.906 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=15;CIGAR=1X;DP=15;DPB=15;DPRA=0;EPP=6.62942;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=25.3996;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=560;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=6.62942;RPPR=0;RPR=10;RUN=1;SAF=7;SAP=3.15506;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:15:0:0:15:560:-50.7733,-4.51545,0
CP000255.1 1930171 . C A 264.043 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=8;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=15.6955;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=310;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=4.09604;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=4.09604;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:8:0:0:8:310:-28.2875,-2.40824,0
CP000255.1 1944161 . A G 303.355 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=9;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=3.25157;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=17.0818;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=353;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=3.25157;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=5;SAP=3.25157;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:9:0:0:9:353:-32.1622,-2.70927,0
CP000255.1 1957938 . C T 307.026 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=9;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=9.04217;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=17.0818;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=363;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=3.25157;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=4;SAP=3.25157;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:9:0:0:9:363:-33.0733,-2.70927,0
CP000255.1 1959504 . T A 519.615 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=15;CIGAR=1X;DP=15;DPB=15;DPRA=0;EPP=6.62942;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=25.3996;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=605;QR=0;RO=0;RPL=10;RPP=6.62942;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=9;SAP=4.31318;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:15:0:0:15:605:-54.8533,-4.51545,0
CP000255.1 1961196 . G T 4.27719 . AB=0.2;ABP=10.8276;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=4.09604;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.517265;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=71;QR=314;RO=8;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=7.35324;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=5;SRP=4.09604;SRR=3;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:10:8:314:2:71:-5.38791,0,-27.2954
CP000255.1 1961354 . C T 263.497 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=8;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=15.6955;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=316;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:8:0:0:8:316:-28.835,-2.40824,0
CP000255.1 1965348 . GA AT 605.111 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=18;CIGAR=2X;DP=18;DPB=18.5;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=29.5585;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=34;PQR=0;PRO=0;QA=695;QR=0;RO=0;RPL=11;RPP=4.9405;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=8;SAP=3.49285;SAR=10;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=mnp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:18:0:0:18:695:-62.9361,-5.41854,0
CP000255.1 1997102 . A T 250.56 . AB=0.529412;ABP=3.13803;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=9;CIGAR=1X;DP=17;DPB=17;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=47.6549;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=335;QR=292;RO=8;RPL=4;RPP=3.25157;RPPR=7.35324;RPR=5;RUN=1;SAF=4;SAP=3.25157;SAR=5;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=6;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:17:8:292:9:335:-29.7905,0,-25.9133
CP000255.1 1997161 . A T 10.8244 . AB=0.222222;ABP=9.04217;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=2.40608;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=69;QR=252;RO=7;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=18.2106;RPR=2;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=3;SRP=3.32051;SRR=4;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:9:7:252:2:69:-5.40203,0,-21.887
CP000255.1 1997484 . A T 363.172 . AB=0.413793;ABP=4.88226;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=12;CIGAR=1X;DP=29;DPB=29;DPRA=0;EPP=3.73412;EPPR=3.13803;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=83.6234;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=470;QR=656;RO=17;RPL=7;RPP=3.73412;RPPR=6.20364;RPR=5;RUN=1;SAF=8;SAP=5.9056;SAR=4;SRF=8;SRP=3.13803;SRR=9;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:17:656:12:470:-41.6769,0,-58.4111
CP000255.1 1997489 . G C 399.362 . AB=0.448276;ABP=3.68421;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=13;CIGAR=1X;DP=29;DPB=29;DPRA=0;EPP=3.17734;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=91.9566;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=517;QR=600;RO=16;RPL=10;RPP=11.1951;RPPR=3.55317;RPR=3;RUN=1;SAF=9;SAP=7.18621;SAR=4;SRF=7;SRP=3.55317;SRR=9;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:16:600:13:517:-46.0295,0,-53.4768
CP000255.1 2003161 . T C 389.364 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=12;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=5.9056;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=21.2407;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=453;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=3.0103;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:12:0:0:12:453:-41.1475,-3.61236,0
CP000255.1 2003357 . TA T 141.992 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=5;CIGAR=1M1D8M;DP=6;DPB=6.4;DPRA=0;EPP=6.91895;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.5366;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=35;PQR=0;PRO=0;QA=181;QR=0;RO=0;RPL=1;RPP=6.91895;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=2;SAP=3.44459;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:6:0:0:5:181:-16.3167,-1.50515,0
CP000255.1 2095442 . C CT 339.863 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=11;CIGAR=1M1I6M;DP=14;DPB=16.5714;DPRA=0;EPP=7.94546;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=19.8544;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=1.5;PQA=51;PQR=51;PRO=1.5;QA=404;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=3.20771;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=6;SAP=3.20771;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=ins;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14:0:0:11:404:-36.3736,-3.31133,0
CP000255.1 2100157 . A C 284.692 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=9;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=17.0818;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=353;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=9.04217;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=8;SAP=14.8328;SAR=1;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:9:0:0:9:353:-32.1622,-2.70927,0
CP000255.1 2123176 . TA T 152.286 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=5;CIGAR=1M1D7M;DP=5;DPB=4.44444;DPRA=0;EPP=3.44459;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.5366;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=182;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=3.44459;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=3.44459;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:5:0:0:5:182:-16.744,-1.50515,0
CP000255.1 2212584 . G A 496.13 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=15;CIGAR=1X;DP=15;DPB=15;DPRA=0;EPP=4.31318;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=25.3996;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=573;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=4.31318;RPPR=0;RPR=9;RUN=1;SAF=7;SAP=3.15506;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:15:0:0:15:573:-51.952,-4.51545,0
CP000255.1 2276564 . A G 714.593 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=21;CIGAR=1X;DP=21;DPB=21;DPRA=0;EPP=3.94093;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=33.7174;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=819;QR=0;RO=0;RPL=10;RPP=3.1137;RPPR=0;RPR=11;RUN=1;SAF=8;SAP=5.59539;SAR=13;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:21:0:0:21:819:-74.1,-6.32163,0
CP000255.1 2322700 . T C 687.386 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=20;CIGAR=1X;DP=20;DPB=20;DPRA=0;EPP=3.44459;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=32.3311;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=791;QR=0;RO=0;RPL=13;RPP=6.91895;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=8;SAP=4.74748;SAR=12;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:20:0:0:20:791:-71.5855,-6.0206,0
CP000255.1 2341254 . C T 530.334 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=16;CIGAR=1X;DP=16;DPB=16;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=26.7859;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=612;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=3.55317;RPPR=0;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=3.55317;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:16:0:0:16:612:-55.4625,-4.81648,0
CP000255.1 2345033 . G A 834.093 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=25;CIGAR=1X;DP=25;DPB=25;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=39.2625;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=957;QR=0;RO=0;RPL=11;RPP=3.79203;RPPR=0;RPR=14;RUN=1;SAF=16;SAP=7.26639;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:25:0:0:25:957:-86.5128,-7.52575,0
CP000255.1 2397939 . G T 158.225 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=3.44459;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.5366;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=195;QR=0;RO=0;RPL=1;RPP=6.91895;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=1;SAP=6.91895;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:5:0:0:5:195:-17.94,-1.50515,0
CP000255.1 2473417 . T C 612.037 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=19;CIGAR=1X;DP=19;DPB=19;DPRA=0;EPP=3.12459;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=30.9448;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=703;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=4.03889;RPPR=0;RPR=11;RUN=1;SAF=8;SAP=4.03889;SAR=11;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:19:0:0:19:703:-63.64,-5.71957,0
CP000255.1 2485846 . TA T 397.33 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=13;CIGAR=1M1D8M;DP=14;DPB=13.3;DPRA=0;EPP=7.18621;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=22.627;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0.5;PQA=19;PQR=19;PRO=0.5;QA=474;QR=0;RO=0;RPL=9;RPP=7.18621;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=5;SAP=4.51363;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14:0:0:13:474:-42.655,-3.91339,0
CP000255.1 2562009 . C CT 81.5549 . AB=0.571429;ABP=3.32051;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=4;CIGAR=1M1I2M;DP=7;DPB=8.33333;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=9.52472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.203;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=148;QR=110;RO=3;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=9.52472;RPR=4;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=3;SRF=3;SRP=9.52472;SRR=0;TYPE=ins;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:3:110:4:148:-13.1269,0,-9.70352
CP000255.1 2562014 . CA TC 26.2966 . AB=0.333333;ABP=4.45795;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=2X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.05267;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=81;QR=164;RO=4;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=11.6962;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=3;TYPE=mnp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:4:164:2:81:-7.06491,0,-14.5399
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CP000255.1 2619575 . C G 620.476 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=18;CIGAR=1X;DP=18;DPB=18;DPRA=0;EPP=4.9405;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=29.5585;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=714;QR=0;RO=0;RPL=11;RPP=4.9405;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=10;SAP=3.49285;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:18:0:0:18:714:-64.6567,-5.41854,0
CP000255.1 2627133 . AT TA 45.1063 . AB=0.272727;ABP=7.94546;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=3;CIGAR=2X;DP=11;DPB=11.5;DPRA=0;EPP=3.73412;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.3861;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=34;PQR=0;PRO=0;QA=112;QR=310;RO=8;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=20.3821;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=3.73412;SAR=2;SRF=6;SRP=7.35324;SRR=2;TYPE=mnp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:11:8:310:3:112:-9.35949,0,-27.1937
CP000255.1 2636028 . AT A 299.81 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=10;CIGAR=1M1D7M;DP=11;DPB=10.2222;DPRA=0;EPP=3.87889;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=18.4681;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0.5;PQA=20;PQR=20;PRO=0.5;QA=358;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=6.48466;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=5;SAP=3.0103;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:11:0:0:10:358:-32.2091,-3.0103,0
CP000255.1 2685939 . T G 491.597 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=15;CIGAR=1X;DP=15;DPB=15;DPRA=0;EPP=4.31318;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=25.3996;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=568;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=3.15506;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=6;SAP=4.31318;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:15:0:0:15:568:-51.4987,-4.51545,0
CP000255.1 2708564 . T G 351.939 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=11;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=3.20771;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=19.8544;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=415;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=7.94546;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=4;SAP=4.78696;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:11:0:0:11:415:-37.7273,-3.31133,0
CP000255.1 2785703 . G T 205.429 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=4.45795;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.9229;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=242;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=3.0103;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:6:0:0:6:242:-22.1833,-1.80618,0
CP000255.1 2825495 . TA T 245.463 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=8;CIGAR=1M1D7M;DP=8;DPB=7.88889;DPRA=0;EPP=4.09604;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=15.6955;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=37.5;PQR=37.5;PRO=1;QA=294;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=4.09604;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:8:0:0:8:294:-26.8275,-2.40824,0
CP000255.1 2833540 . C T 579.277 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=17;CIGAR=1X;DP=17;DPB=17;DPRA=0;EPP=3.13803;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=28.1722;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=668;QR=0;RO=0;RPL=10;RPP=4.1599;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=6;SAP=6.20364;SAR=11;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:17:0:0:17:668:-60.5129,-5.11751,0
CP000258.1 1913 . A TC 119.985 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1M1I1X;DP=6;DPB=8.5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;GTI=0;LEN=2;MEANALT=3;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.4572;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=160;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:6:0:0:4:160:-14.4067,-1.20412,0
CP000258.1 1918 . A T 59.8436 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0:0:2:82:-7.79,-0.60206,0
CP000258.1 8835 . GATA AATG 49.3937 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X2M1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=4;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=71;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0:0:2:71:-6.745,-0.60206,0
CP000258.1 9606 . A AT 33.8387 . AB=0.666667;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1M1I7M;DP=3;DPB=3.25;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1.25722;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=74;QR=40;RO=1;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=ins;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:3:1:40:2:74:-6.60403,0,-3.57403
CP000258.1 9632 . T A 58.2642 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=74;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.ILLUMINA=1 GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0:0:2:74:-7.03,-0.60206,0