Skip to content
New issue

Have a question about this project? Sign up for a free GitHub account to open an issue and contact its maintainers and the community.

By clicking “Sign up for GitHub”, you agree to our terms of service and privacy statement. We’ll occasionally send you account related emails.

Already on GitHub? Sign in to your account

Validate alignment errors #15

Open
wants to merge 6 commits into
base: master
Choose a base branch
from
Open

Conversation

smetam
Copy link
Collaborator

@smetam smetam commented Jul 27, 2020

No description provided.

@andrewprzh andrewprzh self-assigned this Aug 18, 2020
Copy link
Collaborator

@andrewprzh andrewprzh left a comment

Choose a reason for hiding this comment

The reason will be displayed to describe this comment to others. Learn more.

В целом все ок, тестов бы парочку добавить, типа где пропускаем экзон похожий на то что по краям интрона и не похожий, можно отсюда взять примеры прямо:
https://docs.google.com/presentation/d/1ePEny-uQo9UruXdrqHFyDIe2jagxKkunfW-N2ByyIIM/edit#slide=id.g84bc58e478_0_445

read_left, read_right = read_junctions[read_cpos]
l, r = isoform_cregion
iso_left, iso_right = isoform_junctions[l][0], isoform_junctions[r][1]
exon_left, exon_right = isoform_junctions[l][1], isoform_junctions[r][0]
Copy link
Collaborator

Choose a reason for hiding this comment

The reason will be displayed to describe this comment to others. Learn more.

Что если мы пропустили два экзона подряд?

score, size = 0, 1
for a in pairwise2.align.globalms(seq, ref_seq, *self.scores):
score, size = a[2], a[4]
if score > 0.7 * size:
Copy link
Collaborator

Choose a reason for hiding this comment

The reason will be displayed to describe this comment to others. Learn more.

Если у нас система скора +2, -1, -1, -0.2 как я вижу выше, это достаточно маленькая отсечка.
максимальный скор при полном совпадении как я понимаю будет тогда 2*size
0.7 * size это примерно 57% совпадения символов, достаточно мало. можно ли сделать более классическую систему 1,-1,-1, -0.2? и оставить отсечку примерно такую же, для 0.7 это будет тогда примерно 85% совпадения (что неплохо соответствует количеству ошибок в нанопорах). так как эти регионы плохо выровнялись, значит там может быть больше ошибок, можно поставить отсечку 0.6

Sign up for free to join this conversation on GitHub. Already have an account? Sign in to comment
Labels
None yet
Projects
None yet
Development

Successfully merging this pull request may close these issues.

2 participants